SheerVideo...

... ist ein excellenter Video-Codec - speziell für die Anforderungen im Compositing. Wohl die meisten professionellen Anwender haben in der Vergangenheit nach QT-Animation konvertiert, um einen hochwertigen Intermediate-Codec für die Ansprüche in AE zu bekommen.

SheerVideo hat die gleiche Quali, ist aber nur halb so groß + schneller. Wermutstropfen => das Teil kostet richtig Flocken. Ob man dafür so viel Geld ausgeben will kann sich ja jeder selbst überlegen - vielleicht einfach mal die trial ausprobieren:
BitJazz: Produkte: SheerVideo